Los trasplantes de células madre sanguíneas se llevan a cabo sobre todo en pacientes que sufren de una enfermedad del sistema hematopoyético. Entre estas enfermedades se encuentran los diferentes tipos de cáncer de sangre como la leucemia y el linfoma, la aplasia medular severa, inmunodeficiencias congénitas severas, así como diversas afecciones de los glóbulos rojos. La mayor cantidad de indicaciones de trasplante de células madre sanguíneas se dan en enfermedades cancerígenas, como la Leucemia y Linfoma.